超聲波清洗器清洗劑的選擇要從兩個方面來考慮：一方面要從污物的性質來選擇化學作用效果好的清洗劑；另一方面要選擇表面張力、蒸氣壓及枯度合適的清洗劑，因為這些特性與超聲空化強弱有關。

液體的表面張力大則不容易產生空化，但是當超聲波清洗器聲強超過空化閾值時，空化泡崩潰釋放的能量也大，有利于清洗。高蒸氣壓的液體會降低空化強度，而液體的粘滯度大也不容易產生空化。因此蒸氣壓高和粘度大的潔洗劑都不利于超聲清洗。此外，清洗液的溫度和靜壓力都對清洗效果有影響，清洗液溫度升高時。

空化核增加，對空化的產生有利，但是溫度過高，氣泡中的蒸氣壓增大。空化強度會降低，所以溫度的選擇要同時考慮對空化強度的影響，也耍考慮清洗液的化學清洗作用每一種液體都有一空化活躍的溫度，水較適宜的溫度是60~C，此時空化最活躍。清洗液的靜壓力大時，不容易產生空化，所以在密閉加壓容器中進行超聲波清洗器清洗或處理時效果較差。

清洗液的流動速度對超聲清洗效果也有很大影響。最好是在清洗過程中液體靜止不流動。這時泡的生長和閉合運動能夠充分完成。如果清洗液的流速過快，則有些空化核會被流動的液體帶走有些空化核則在沒有達到生長閉合運動整過程時就離開聲場，因而使總的空化強度降低。在超聲波清洗器實際清洗過程中有時為避免污物重新粘附在清洗件上。

清洗液需要不斷流動更新，此時應注意超聲波清洗器清洗液的流動速度不能過快，以免降低清洗效果。